일본은 싱가포르, 멕시코, 말레이시아 등 3개국과 FTA를 맺었다. 현재는 주로 ASEAN 전체 및 개별 회원국과의 양자간 FTA에 중점을 두고 있다. 동북아에서는 유일하게 한국과 2003년 12월 FTA 협상을 개시했으나 일본 측의 낮은 농수산물 양허안 제시에 한국 측이 반발해 2004년 11월 6차 협상을 끝으로 현재까지 교착상태이다. 중국과의 FTA에 대해서는 아직까지 공식적인 입장 표명이 없다. 역외국과는, 멕시코를 제외하고는 ASEAN 개별국과의 협상이 대략 일단락된 2006년부터 협상을 개시했다.
